Movable Typeのバージョン2.6から3.1になりテンプレートの形式が変わっているようですが、具体的にどこが変わったのか詳しく教えてもらえませんか？

一番目5/24にメンテナンスに関しての違いが書いてあります。二番目は2.6との違いを含めながらのコメントがありますので参考になりそうです。

テンプレートの形式は変わっていません。同じ書き方で作動します。

単に新しいタグが追加されただけです。サブカテゴリーあたりが追加されました。

下位互換性があるので、3.1未対応のプラグインをのぞけばきちんと作動します。

おまけですが、デフォルトのテンプレートも、少し見た目が変更されました。

既存の拙記事ですが、よろしければ。

バージョンが 3.11 になって、サブカテゴリ系のテンプレートタグが追加されたため、そのタグを使っているテンプレートを 2.661 以前に適用するとぐちゃぐちゃになると思います。 ( もしかしたら再構築もままならないかもしれません。 )

また、 id 属性が変わっているため、例えば 3.x 用のテンプレートを適用し、スタイルシートは 2.x 用のものを使っているようなケースでは、画面表示は意図通りにならないと思います。