Tomcat4.0.1ではwebapps/XXX/libの下にXercesとXalanを置いてもこちらをロードしてくれましたが、Tomcat4.0.6では、他のXMLパーサ（VMのかTomcatのか）が読み込まれてしまうがこれはなぜでしょうか？

全然回答が無いようなので、ヒントを出してください。

・以前、XercesとXalanを置いておくとそれらをロードしてくれた、と判断した根拠となる事象

・現在、他のXMLパーサ（VMのかTomcatのか）が読み込まれてしまうと判断した根拠となる事象

・それらの事象が特にあなたの書いたプログラム，jspなどであるならば、そこにどの様な記述をしているか?

・他のXMLパーサが読み込まれてしまう、ということですが、XMLとして正しくない文書を読みこませるなどの手段でExceptionを発生させて、スタックトレースを出せば、そのXMLパーサの正体が判るはず

そのあたりの情報をコメントに付けていただければと思います。