新幹線が開業すると、並行して走るJRの路線が第三セクター化するのは何故でしょうか？

新幹線を開業させると、在来線からの客が新幹線に流れるのがほとんどなので、ＪＲとしては在来線で採算がとれなくなります。

そこで廃線としたいのですが、地元からはそれでは困るという事で、地元の資本を入れた第三セクターによる運営となります。

それでも採算がとれないという事になれば、廃線という道を辿る事になります。

在来線特急が走らなくなり、在来線の採算が大幅に悪化するため。

ＪＲは営利企業（本州３社は上場しており外国人株主は採算に厳しい）なので、並行在来線を赤字で維持することはできません。

そのため、地元自治体が出資して路線を維持するのです。

もっとも、採算が取れそうな場合はＪＲが在来線を維持する場合もあります。

２０１４年度末の金沢開業に向け、北陸新幹線の工事が始まった。並行する北陸線は開業と同時にＪＲから経営を分離し、枝線の七尾線と共に第三セクター化する見込み。

今の国鉄の在来線は、遠距離客と近距離客を混在させて運んでいます。新幹線が開通して遠距離客を運ぶようになると、在来線は近距離客を対象に営業する必要があります。３セク化すると、地域に密着して、近距離客を対象にしたダイヤを組みやすくなるため、３セク化をするのだと思います。

　新幹線の着工条件であるからです。

国土交通省サイトより引用

整備新幹線の着工については、 平成12年12月18日の政府・与党申合せ により、収支採算性、投資効果等を十分に吟味するとともに、ＪＲの同意、並行在来線の経営分離についての沿線地方公共団体の同意の取付等基本条件が整えられていることを確認した上で行うこととされております。

　なお、並行在来線の経営分離について沿線地方公共団体が同意するに際し、並行在来線を第三セクターで経営する場合には、沿線地方公共団体はその経営見通しについて十分検討を行う必要があります。

「JRが、高額な新幹線設備と、特急の走らなくなった地方閑散線区の両方を所有することは経営的に不可能だとしての措置」です。