[./configure --prefix=$HOME]でインストールしたRubyをアンインストールするにはどうしたらいいですか？

configure というのは、Makefileをつくるためのコマンドで、make installしていなければまだインストールされていません。

すでにmake installしたのでありれば、

ホームディレクトリに、userとかbinとかetcができているでしょうから、それらのディレクトリでタイムスタンプが同じなものを消せばいいわけです。

なにが実際にインストールされたか確かめたければ、make -n install > logという風にすれば、インストールされた手順がlogファイルに書き出されます。

また、make uninstallできる場合もあります。make -n uninstallで、それが可能か確かめられます。-nをつけると、実行はされません。（これらはMakefileのあるRubyソースディレクトリで行なう）