XOOPSの質問です。

うーん、、もうちょっと開けておいて欲しかった・・・ｗ。

xoopsのモジュールには「バックパック」という優れものがあります。
http://xoopscube.jp/modules/mydownloads/singlefile.php?cid=6&lid=169
　
それと「モジュール以下をカスタマイズ」ということでしたら
mainfile.phpはインストール後に書きなおしていませんね？
だとしたら次の方法が簡単です。
　
①システムとバックパック以外のモジュールを全て非アクティブにする。
②テーマをデフォルトにする。
③「バックパック」でバックアップファイルを作成し保存する。
④新サーバーに同じバージョンのxoopsをインストールする。
⑤新サーバーのxoopsに「バックパック」をインストールする。
⑥旧サーバーのxoopsファイルを全てＤＬする。
⑦ＤＬした中のmainfile.phpを削除する。
⑧ＤＬしたファイル全てを新サーバーに上書きする。
⑨新サーバーで「バックパック」でリストアする。

①②④が重要で⑦が手軽で⑥⑧が手間ですｗ
お試し下さい。