ブログの設定→「公開」タブ→アーカイブの拡張子
これをhtmlからshtmlにすると、アーカイブページ(個別エントリーのページなど)の拡張子が変わります。
しかし、index.htmlやarchives.htmlはテンプレートのところで指定されているので、
テンプレート→メインページ→出力ファイル名
これをindex.htmlからindex.shtmlに変更します。アーカイブページも同様です。
そして、再構築すると直ると思います。
しかし、安易にページ名を変えると、外部からのリンクが切れてしまう可能性があるので、.htaccessなどでhtmlでもSSIを使えるようにする方がいいとおもいます。
ご回答ありがとうございます。
参考になりました。