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ども。質問の主旨が今ひとつ理解できないで困っています。
「軸の長さを変えると、回転ブレが変わる」と心配されているわけですね？
軸の先にステージが固定されているものをコマのように回すわけですね？
「回転ブレ」てえのは、回転軸の振れのことですか？それとも回転速度の偏差のことを云われているのか？
静的に考えれば、軸の振れなら、軸の長さに比例しちゃうでしょうし、回転速度の偏差は、軸の長さとは関係しないように思えますよね。
動的なシミュレーションを望まれているのですか？
想像するに、アプリケーションは、半導体製造のスピンコーターとかでしょうか？
逆質問ばかりで、答えてなくてごめんなさい。
機械工学的なシミュレーターについて勉強されたいのであれば：
http://www.tdupress.jp/cgi-bin/html.cgi?i=ISBN4-501-41540-1
というような本でいかがでしょう？
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質問が適切でありませんでした。例えば、工作機械のドリルの主軸を設計するとします。ドリルには、ドリルチャックとかつく訳ですが、これが、あまり大きい（重い）と、主軸を中心にコマのようにすりこぎ運動をすると思いますが（極端に言っています）、この動きを止める（問題ないレベルまで抑えるには、ベアリングをどう配置して、主軸の太さ、ドリルチャックの取り付け位置をどうするか等をシミュレートしたいという意味です。