javascriptやFlashがなるべくブラウザにキャッシュされない方法は？

JavaScript/Jscript/Flash に特有の方法ではないですが、

http://www.tohoho-web.com/wwwxx008.htm

キャッシュをコントロールするHTTPヘッダを送信する事である程度は制御できます。

Apache であれば .htaccess に

<Files ~ "\.(js|fla|swf)$">
  Header set Pragma no-cache
  Header set Cache-Control no-cache
  Header set Expires "Thu, 01 Dec 1994 16:00:00 GMT"
</Files>

と記述する事で設定できます。

JavaScript/JScript の場合は外部化しておけば（HTML内に書かない）上記の設定をしない（デフォルトのまま）であれば通常のHTML と同じく作成時間の比較が行われます。

ただし、比較されるタイミングはブラウザの設定に依存します。

Flash の場合はこの辺りがどうなっているのかはよく知りません。