mi ってこれでしょうか?
http://www.mimikaki.net/mimi/index.html
・文字コードはShiftJIS, JIS, EUCをサポート
(MacOSにText Encoding Converterがある場合は、UTF-8, ISO-8859-1, KOI8-Rなどもサポート)
ただし、内部処理はShiftJISですので、ShiftJISにないUnicode固有の文字はサポートしていません。
とあるので、Shift_JIS で保存しなおすのが一番いいと思います。
これで解決しないようでしたら、 Windows 側で使用したエディタを教えてください。
シフトJISで保存して、ツールで書き換えた方がよいと思います。
お使いのWinエディタもmiも文字コードには完璧ではないのでしょう。
ツールとしてはnkfとかiconvがあります。
nkf -wLu ファイル名 > ファイル名2
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