会社を設立する際には住所を登記すると思いますが、

株式会社設立登記申請書に記載する本店の所在地は、形式上の本店の住所であり、実態と違っていてもかまいません。

実際に有名企業でも本店は創業地そのままで、本社を東京や大阪に移している例も多数あります。

例えば、税務署に提出する「法人設立届出書」には、本店の所在地と納税地を記載します。　当然違っていてもかまいませんし、

税務署からの書類は納税地に記載された住所に届きます。

http://www.nta.go.jp/category/tutatu/kobetu/houzin/35/pdf/001.pd...

起業する際は自宅でする場合が多いので、とりあえず本店を自宅で登記しておいて、事務所を探してから移転する場合が多いですね。

その場合にも関係する役所（税務署・県税事務所等）に納税地の変更をしておくのが普通です。

実際の住所と違う場所を書くといったような嘘の登記を行う事は『公正証書原本不実記載罪』になり５年以下の懲役か５０万円以下の罰金。

http://law.e-gov.go.jp/fs/cgi-bin/strsearch.cgi?IDX_OPT=1&H_...

http://law.e-gov.go.jp/htmldata/S40/S40HO034.html

納税地に関係があると思います。

法人税法で、「内国法人の納税地は、本店または主たる事業所とする」と謳っています。よって、オフィスを引っ越してそこを主ダル事業所とする場合は、納税地はそのオフィスに登録する必要があります。

　会社法上では、会社の住所は登記した「本店」の所在地にあるとされていますので、営業上の本社としての機能がそこにあるかどうかはともかく、少なくともその住所から連絡がつく必要があります。

　そして、会社法上は、（原則）会社の各種帳簿等は「本店」に備え付ける必要があるとされています。

　本店を移転した場合には、２週間以内に登記をしなければなりません。

　帳簿を備え付けない場合や登記をしない場合は、「過料」に処されることがあります。また、連絡がつかない場合、休眠会社として登記抹消される可能性も出てきます。

http://law.e-gov.go.jp/announce/H17HO086.html

　実際上では、会社の登記簿謄本を同時に提出する手続きのときに、話が面倒になりますし（銀行の口座開設、許認可申請etc...）、公的機関からの連絡も（設立届けなど必要な書類の提出を忘れていた場合など）無いとはいえません。