養殖の際に死んだ魚(斃死魚)は肥料として再利用できるが、飼料としては再利用ができません。

飼料安全法第２３条の「病原微生物により汚染され、又はその疑いがある飼料」にあたるという判断なのではないでしょうか。

http://www.ffis.go.jp/sub8/sub1_houritu.htm

　（有害な物質を含む飼料等の製造等の禁止）

第２３条　農林水産大臣は、次に掲げる飼料の使用又は第一号若しくは第二号に掲げる飼料添加物を含む飼料の使用が原因となつて、有害畜産物が生産され、又は家畜等に被害が生ずることにより畜産物の生産が阻害されることを防止するため必要があると認めるときは、農業資材審議会の意見を聴いて、製造業者、輸入業者若しくは販売業者に対し、当該飼料若しくは当該飼料添加物の製造、輸入若しくは販売を禁止し、又は飼料の使用者に対し、当該飼料の使用を禁止することができる。

一　有害な物質を含み、又はその疑いがある飼料又は飼料添加物

二　病原微生物により汚染され、又はその疑いがある飼料又は飼料添加物

三　使用の経験が少ないため、有害でない旨の確証がないと認められる飼料