Perlにて、以下のようなソースがあります。

http://www.kent-web.com/perl/chap7.html

上記はダミー

$str =~ s/\b((?:[\x00-\x7F]|[\x8E\xA1-\xFE][\xA1-\xFE]|\x8F[\xA1 -\xFE]{2})*?)$i\b/$1

foreach $i (sort {$b cmp $a} (keys %RLIST)) {
  if($i ne ''){
    $str =~ s/\G((?:[\x00-\x7F]|[\x8E\xA1-\xFE][\xA1-\xFE]|\x8F[\xA1-\xFE]{2})*?)\Q$i\E/$1<a href="$RLIST{$i}" $style>$i<\/a>/g ;
    $str =~ m!<a.+?>.*?</a>!g ;
  }
}

これではどうでしょう。

ただし、ここに来る前に $str にリンクがあるとダメですが。

正規表現ダメと言いつつ、変わったコード書いてますねえ。

my $regex = '(' . join ( '|', sort { $b cmp $a } keys %RLIST ) . ')';
s!$regex!<a href="$RLIST{$i}" $style>$i</a>!g;

こういうことではないの？

すいません。

foreach $i (sort {$b cmp $a} (keys %RLIST)) {
  if($i ne ''){
    $str =~ s!(<a.+?>.*?</a>)|(\Q$i\E)!$1?$1:qq{<a href="$RLIST{$i}" $style>$i</a>}!e ;
  }
}

これではどうでしょうか。

my $regex = '(' . join ( '|', sort { $b cmp $a } keys %RLIST ) . ')';
$str =~ s!$regex!<a href="$RLIST{\1}" $style>\1</a>!g;

ちょっとミスがあったので。たぶん結果は同じだろうけど。

なお、うまくいきませんでした。

何がどううまくいかないのかこっちではさっぱり分からないので、もうちょっと実例を出して説明してくれると進むんじゃないかな。