htmlで「フレームを使うことは悪だ」というような雰囲気を感じます。

SEOとしての理由以外でフレームがダメな理由

　個人的には、ブックマークがしにくいと思います。

　検索ページで、フレームの中に飛んでしまい、

　index等を探すという作業をしなければならなかったり・・・

　また、フレーム未対応のブラウザだと意図したとおりに表示されない

　ということがあります。

フレームを効果的に使っているサイト

　すみません。私の方で、思いつくサイトはありませんでした。

フレームでやっていることと同等のことを他の手段で行うサンプル

<object id="hoge_frame" type="text/html" data="hoge.html">
　　<a href="hoge.html">hogeへ</a>
</object>

とかはどうでしょうか？

　IEではセキュリティ警告がでたりするなど、まったく同等とはいえませんが、

　それほど複雑では無いと思います。

フレームがダメな点として、

検索エンジンからフレームの一部分にアクセスする人がいる。

それと、初心者がショートカットを作ろうとして

画面で右クリック→ショートカットをすると、

フレームの一部のみへのリンクが出来てしまうことですね。

フレームを効果的に使っているサイトとしては

「２ちゃんねる」があります。

ここは、フレームだからこそ便利なサイトですね。

大規模掲示板系は、フレーム使ってますね。便利です。

フレームと同等のことは、javascriptとかcssを使うと良く似たことができますね。

よく、海外のサイトだと見かけますが、

画面を下にスクロールしても、

広告みたいなのが一緒に下にスクロールしてくるやつです。

http://desperadoes.biz/style/p_frame.php

http://www.jubilo-iwata.co.jp/

http://www.so-net.ne.jp/grampus/

この二つのHPを比較します。

仮にわたしがチケットに関する情報をお気に入りにおいておきたいとします。名古屋の場合URLはどのページを開いても同じです。つまりお気に入りを開けたときはトップページがでるのでリンクを探さなければならない。またはフレームの左側のURLを拾っておく（レイアウト的にやばいかも）。

対する磐田のほうは、http://www.jubilo-iwata.co.jp/ticket/index.php

というページをお気に入りに入れておけば一発で行けるから楽です。

といっても、磐田のほうがいいに決まっているといっているわけではありません。サイトの運営者が「まずトップのニュースを見てほしいからそうしています」といえばそれはそれでいいとおもいます。

いまどきフレームをサポートしていないブラウザで見に来る人もいないと思いますから、要は見やすいようにサイト管理者が決めればいいと思います。

個人的にはわざわざフレームを使う理由はなんだろうと思いますが。

http://www.htmq.com/style/overflow.shtml

スクロールについては、overflowプロパティを使えば代替することができます。マウスオーバー時にスクロールするので、管理できます。

サンプルアップしておきました。

http://www2.gtec-ni.com/navi_menu.html?m1_1

Alertbox: フレームが（おおむね）ダメな理由（1996年12月）

ユーザビリティ専門家の Jakob Nielsen博士のこらむです。

ナビゲーションはフレームとなじまない。ナビゲーションの単位が、表示ユニットと違っているからである。ユーザがブラウザでブックマークして後でそのブックマークを使っても、同じ表示には戻れない。ブックマークでは、フレーム内のページの状態までは保存できないからだ。

フレーム（frame）否定論 - Personnelもいいかもしれません。