PCのマザーボードが焼けてしまったので交換しようと思います。このままWINDOWSを上書きインストール

上書きインストールであれば、レジストリは残ります。

マザーを変えるのであれば、不要なドライバ等が消えますので、新規インストールをオススメしますが・・・。

また、レジストリのバックアップはWindowsの機能で行うことができます。

http://support.microsoft.com/kb/322756/ja

OSはWindowsXPとのことですが、マザーボードを別のものに交換したとしてもOSの再インストールが必要ない可能性があります。

私の経験で言いますと、あるメーカー製のPCのハードディスクを別の機種のPCに接続して問題なく動作したことがありました。WindowsXPはある程度、柔軟に対応してくれます。

もし、OSの再インストールを行いたくないのであれば、マザーボードを交換してからそのまま動作するかどうかを確認されることをお勧めします。ただし、動作上の不安があるようでしたら、再インストールされたほうが良いと思います。

OSの再インストールを行うのでしたら、「修復インストール」を行ってください。

ITmedia エンタープライズ：Windows Tips「起動しなくなったWindowsXPを修復する」

Windows再インストールなしにマザーボード交換

ユーザデータやアプリケーションが消えることはありませんが、レジストリが全て保持されるかどうかはわかりません。

心配なようでしたら、レジストリエディタにてレジストリ全体をエクスポートしておけば良いと思います。

レジストリ・キーのデータを移行・バックアップする − ＠IT

http://homepage2.nifty.com/DSS/VCPP/API/RegSaveLoad.htm

レジストリの保存復元

http://www.vector.co.jp/soft/win95/util/se107331.html

レジストリ内の各種設定書き出し、設定コピー、バックアップ、OS再インストールに便利

コメントつけれないのでこちらで聞きますが、

レジストリにこだわる理由はなんですか？

レジストリを残せても、整合性があわなかったら

意味がないとは思います。

ソフトによっては、別のところに情報残してるケース

もあります。

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XPの入ったHDDは、直接、新しいマザーボードにつないでも

自動認識してドライバーをいれて使える可能性があります。

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修復セットアップは、レジストリはどうか分かりませんが、

インストールしてあるソフトは、そのまま使えるはずです。

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2番のshigegonです。

コメントが開いていないので、再度回答欄にて失礼します。

起動しなくなったOSからのレジストリの取り出し・移行は行ったことがありませんが、次の手順にて実現できるのではないかと思います。

ただし、問題が発生する可能性がありますので、もし行われるようでしたら十分に注意してください。

レジストリは次のファイルに収められています。（WindowsディレクトリがC:\Windowsの場合）

C:\Windows¥system32¥config¥system

C:\Windows¥system32¥config¥software

C:\Windows¥system32¥config¥sam

C:\Windows¥system32¥config¥security

C:\Windows¥system32¥config¥default

マザーボード交換後にOSが正常に起動すれば、レジストリは以前のまま保持されていると思います。

OSが起動しない場合はOSの修復インストールが必要になりますが、その前にレジストリをバックアップしておきます。レジストリをバックアップするには上記の5つのファイルを別の場所にコピーします。OSの修復インストール後に別の場所に保存しておいたレジストリファイルを元の場所（C:\Windows\system32\config）にコピーします。

Windowsが起動している間はレジストリファイルのコピー操作ができませんので、回復コンソールなどを利用すれば良いかと思います。

回復コンソールでのレジストリの復旧方法については、次のサイトに書かれています。

Windows XP 復活

レジストリの破損により Windows XP を起動できなくなった場合の回復方法