※コマンドで範囲を指定出来るもの
wavでの場合はmp3に変換できるソフトもよろしくお願いします
No.1
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URLはダミーですが、
audacity (Win,Mac,UNIX系で利用化）がご希望に添うかと。
mp3での保存には、上記に加え lameも必須です。
rpmなどの形で提供されていると思うのでお探しください。
（FreeBSDでならportsから入るのですが、オーディオ系はLinuxから借りてきているものが多いのでLinuxでも必ずあります）
No.3
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http://audacity.sourceforge.net/?lang=ja
コメントだけで良かったんだけど、回答中はできないようなので、念のため。
１で書いたAudacityのURLを張っておきます。
ノイズの除去とかもできるので重宝します。
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大変参考になりました、使ってみます。