非上場の株式会社(特例有限会社)を経営しています。

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ご丁寧にありがとうございます。

情報を捕捉しますので参考になさって下さい。
・減資の目的は会社休業に向けての少数株主の整理
・減資により、株主(出資者)には出資時と同額を返金(したがって減資差異は発生しない)
・現在の純資産は３００万円未満

これまで得られた情報をまとめると、
株主に対価を支払っての減資は自己株式の取得に相当する
→自己株式の取得は純資産が３００万円を下回る場合は出来ない
　→したがって減資自体が出来ない

と判断しています。

減資を検討されている理由は分かりました。剰余金の配当にはその他資本剰余金からの株主への拠出額の返金（減資）や自己株式の有償取得も含まれています。純資産額が３００万円を下回る場合は剰余金の配当はできないです。

少数株主に対して金銭的な迷惑を掛けない為に拠出額の返金をお考えでしたら個人間での株式の売買を検討されては如何でしょうか。言い換えますと質問者さんが少数株主から当初の拠出額でもって株式を買取することです。