CSVファイルを自動整形してくれるソフトを探しております。

具体的にどのようなルールで整形するかによりますが、フィールドの入れかえやソートなどでしたから、awkでなんとかなりそうです。

awkで、できることの例

http://work.tkensaku.com/AWK/awk.html

http://www.vector.co.jp/soft/dos/util/se006218.html

ダウンロード　(gawk/jgawk)

http://oshiete1.goo.ne.jp/qa3735378.html

http://www.kt.rim.or.jp/~kbk/gawk-3.1/

使い方の例

http://www.geocities.co.jp/Bookend-Kenji/8629/yohaku/awk.htm

Excelでよみこんでソートという方法ではダメですか？

よみこんでしまえば置換なんかでいろいろとデータをいじれるとおもいますが。

http://www.excel.studio-kazu.jp/mag2/backnumber/mm20040622.html

私もExcelをお勧めします

CSVファイルの整形ならやはりExcelが一番使いやすいと思います

自動化と言うことですので

勿論、有る程度同じような作業の繰り返しと言うことですよね

で有れば、マクロを使えば簡単にできると思うのですが

http://www.tsucchy.com/Excel/index_e.html

入門サイトもいくらでもありますし

他の作業でも非常に有効に使えるExcelマクロを学ぶことは有意義だと思います

そのほかには、秀丸エディタなどのマクロ搭載エディタでもできるとは思いますが

「テキスト(CSV)ファイル変換 Version 3.40」

http://www.koka-soft.com/okada/koka_software/chgfld.htm

はいかがでしょうか。