確定申告について質問です。

還付金額は、給与から源泉で納めていた税金が返ってくるのですから源泉所得税で引かれた分以上は戻ってきません。

給与と事業とを合わせて赤字なら繰越欠損金になると思います。

http://www.nta.go.jp/tetsuzuki/shinsei/annai/shinkoku/mokuji.htm

とりあえず　まず　ひとこと

給与所得者兼事業所得者の場合　申告書Bを手に入れシミュレーション的に必要事項を全部記入していったん申告書を完成させてみれば

もっとも理解が早く確実です　単に「個人所得税」の枠内で済む、と判ります

上記から書式は手に入りますがサイトのデキが悪いので　可能なら税務署/市区町村で物理的に入手したほうが早いかも

必要なのは「申告書B」「青色申告決算書」「申告書B第四表（損失申告用）」これだけです

（もちろんあなたが社会保険その他で　特殊なめんどい控除があれば　それはそれ、で　ですよ）

理解のため　それぞれ「〜の手引き」を含めた一式を入手して下さい（そのため税務署にいく方が結局は早いんです）

>その場合、きちんと申告すれば、会社員として給与から引かれた源泉所得税分は還付されると思うのですが、この考えは合っていますか？

まあ合ってますが　給与分の黒字ー事業分の赤字がゼロ及びマイナス　の時に限り　全額還付　ですよ

>また、源泉所得税で引かれた分以上の赤字の場合、還付金額はどのようになるのでしょうか？やはり源泉所得税で引かれた分以上は戻ってきませんよね？その場合は繰越欠損金になるのでしょうか？

もちろん、払っていない（源泉徴収された以上の）分は「戻って」きません　

また「繰越欠損金」ではなく「（翌年以降に繰り越される）純損失」と呼びます

（どうでもいいことのようですが　せっかく簡単な個人事業主を選んだんですから　めんどい会社系の用語/概念とごっちゃにしない方がいいです）

その　“今年引き切れなかった赤字”は　来年度の黒字から引けます（3年度以降まで有効）　

黒字が出て税金が生じた時のために　赤字を貯めこんでおける　ってことですね

あなたがわざわざ青色の個人事業主として開業届を出したのは

当然　税金面で損をしたくない/得をしたい　という考えのもとに　だと思います

でも実際面の手続き上の細部を知らないと“しまった！後の祭り！”ということも起こります

まわし者ではありませんが以下の本で　楽しく学んでしっかり理論武装して　得しましょう！

http://www.amazon.co.jp/s/ref=nb_ss_gw?__mk_ja_JP=%83J%83%5E%83J...

http://www.amazon.co.jp/s/ref=nb_ss_b?__mk_ja_JP=%83J%83%5E%83J%...

http://okwave.jp/qa2269417.html

http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q1414009...

詳細は、税務署に聞いてみてください。

＞源泉所得税で引かれた分以上の赤字の場合、還付金額はどのようになるのでしょうか？

最大、支払済みの源泉所得税分です。

たとえばですが、-100万円の赤字となった場合は、課税額が０円となるだけですので

支払済みの源泉所得税分をかえしてもらえるということです。

＞その場合は繰越欠損金になるのでしょうか？

上記の例だと、100万円を繰越欠損金として処理できます。

戻ってきた還付金額とはなんの関係もありません。