active perlでファイル中に３行ほど数値列 例えば、12.344　23.233 33.45aaa 45.366 というような

Perlだと

@filename[$x] は、$filename[$x] になります。

@が付くものは、配列になります。

だから、 @all_line[$count]も、$all_line[$count] になります。

URLはダミーです。

http://d.hatena.ne.jp/yoshifumi1975/

「妙な動き」が何が、具体的にお知らせください。

最初の for に入る前に、$count が 0 で初期化されていますか？

（URLはダミーです http://q.hatena.ne.jp/）

chomp の使い方も間違ってますね。

chomp のリターン値は、切り取った文字ですので、改行が、$xx2に入ります。

$xx2 = chomp($xx);

$xx2 = ~s/aaa//g;

ではなくて、

chomp($xx);

$xx = ~s/aaa//g;

ですね。

use Data::Dumper;

して、

print Dumper 変数;

という感じで変数の中身を確認しながら書いたほうがいいかもしれませんね。

あと、perl -d でデバッグモードで実行できますんで、デバッグしながらやったほうがいいですよ。

http://www.ksknet.net/perl/datadumper.html

配列の＠と＄の謎

とりあえずこの場合、$ の方が正解だ。

@ を使用した場合、スライスと言うモードで動作する。

提示されている場合だと、「たまたま」動いているだけに見える。

スライスの正しい使い方は、以下のリンク参照。

SBP：近藤嘉雪の「Perl News Letter」

今風に書くとこんな感じになるはずだが。

my @all_line = ();
foreach my $filename ( @filename ){
  open( my $fh, $filename ) or die "Can't open File!: $filename";
  while ( defined($xx = <$fh>) ) {
    chomp($xx);
    $xx =~ s/aaa//g;
    push @all_line, $xx;
  }
  close($fh) or die "Can't close File!: $filename";
}

foreach my $line ( @all_line ) {
  print "$line\n";
}

質問の本質ではありませんが、配列のループはforeachで行うと$xや$countが不要となりコードが簡素になります

my @all_line;
foreach my $file (@filename) {
    open my $IN , $file or die;
    push @all_line , <$IN>;
    close $IN;
}

foreach my $line (@all_line) {
    chomp $line;
    $line =~ s/aaa//;
    
    print $line."\n";
}

http://q.hatena.ne.jp/