生理学・医学分野で論文を探すならPubmedですが、物理学、化学などの場合、同様のWebサイトはありますでしょうか。

仕事では SCOPUS を使っています。

http://www.scopus.com

有料のサービスなので、ご質問の意図とずれているかもしれません。

高エネルギー物理（素粒子原子核宇宙少しでも関係あれば他分野も）なら

SPIRES-HEP Search

が有名ですね。

あと定量生物学も含む広い意味での数物系のためのプレプリントサーバーなら

http://xxx.yukawa.kyoto-u.ac.jp/

というものがあります。

無償のものでは、 SCIRUS という検索がありました。

http://www.scirus.com/

ばらばらとすみません。

以前化学の研究をしていた頃はWeb of Scienceにお世話になってました。

http://www.thomsonscientific.jp/products/wos/

でも有償ですかね。所属機関が使用可能にしていればいいのですが。