所得税の繰越損失には、青色申告の控除（650,000円）も対象でしょうか。

青色申告特別控除の金額は、必ず65万円というわけではなく、不動産所得と事業所得の金額の合計額が65万円より少ない場合には、その合計額が限度になります（租税特別措置法25条の2第3項）。

したがって、65万円を引ききれないために繰越損失が発生するということは通常ないと思われます。

http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/2072.htmをご参照。

（参考）租税特別措置法25条の2第3項

青色申告書を提出することにつき税務署長の承認を受けている個人で不動産所得又は事業所得を生ずべき事業を営むもの（所得税法第六十七条 の規定の適用を受ける者を除く。）が、同法第百四十八条第一項 の規定により、当該事業につき帳簿書類を備え付けてこれにその承認を受けている年分の不動産所得の金額又は事業所得の金額に係る取引を記録している場合（これらの所得の金額に係る一切の取引の内容を詳細に記録している場合として財務省令で定める場合に限る。）には、その年分の不動産所得の金額又は事業所得の金額は、同法第二十六条第二項 又は第二十七条第二項 の規定により計算した不動産所得の金額又は事業所得の金額から次に掲げる金額のうちいずれか低い金額を控除した金額とする。

一 　六十五万円

二 　所得税法第二十六条第二項 又は第二十七条第二項 の規定により計算した不動産所得の金額又は事業所得の金額の合計額