参考：wikipedia 日本の鉄道駅一覧
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E6%97%A5%E6%9C%AC%E3%81%AE%E9%89%84%E9%81%93%E9%A7%85%E4%B8%80%E8%A6%A7
No.1
57
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三宮駅
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E4%B8%89%E5%AE%AE%E9%A7%85
三宮駅（さんのみやえき）は、兵庫県神戸市中央区加納町4丁目（阪急・神戸高速）、小野柄通8丁目（阪神）、雲井通8丁目（神戸新交通）、北長狭通1丁目 （神戸市営地下鉄）にある阪急電鉄・神戸高速鉄道・阪神電気鉄道・神戸新交通・神戸市交通局の駅。
JRの三ノ宮駅とともに神戸市の中心地である三宮に位置し、神戸市最大のターミナル駅として各社局の路線が集まる、交通の要衝となっている。
No.2
350
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琴似と白石ですかね。
両方ともＪＲ函館本線（白石は千歳線も）と札幌市営地下鉄東西線の駅ですが連絡はしていません。琴似で約８００ｍ、白石で約１．６km離れています。
逆に札幌市営地下鉄南北線のすすきのと札幌市電山鼻線のすすきのは路線名だけ見ると離れていそうですが乗り継ぎ割引の対象になっているため同一の駅という扱いになるようです。
No.3
4339
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塚口駅（つかぐちえき）は、兵庫県尼崎市東塚口町にある、西日本旅客鉄道（JR西日本）福知山線（JR宝塚線）の駅。
塚口駅（つかぐちえき）は、兵庫県尼崎市塚口本町一丁目にある、阪急電鉄の駅。
No.4
19716
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乗換駅とはいえないケースのみをあげます。
また、駅名の最初に鉄道会社名や旧国名等がつくものも除外しました。
大阪府
●高井田（ＪＲ西日本、大阪市営地下鉄）
今里（近鉄、大阪市営地下鉄）
吹田（阪急、ＪＲ西日本）
兵庫県
尼崎（ＪＲ西日本、阪神）
西宮（ＪＲ西日本、阪神）
芦屋（ＪＲ西日本、阪神）
塚口（ＪＲ西日本、阪急）
伊丹（ＪＲ西日本、阪急）
長田（神戸電鉄、神戸市営地下鉄）
御影（阪神、阪急）
春日野道（阪神、阪急）
京都府
四条（京阪、京都市営地下鉄）
五条（京阪、京都市営地下鉄）
丸太町（京阪、京都市営地下鉄）
十条（近鉄、京都市営地下鉄）
宇治（京阪、ＪＲ西日本）
嵐山（阪急、京福）
特に、高井田は全然違う場所（柏原市と東大阪市）にあります。エリア的に隣接もしていません。
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リストでの提示、ありがとうございます！！
とっても助かります。