VoIPに対応していないインスタントメッセンジャーアプリケーションを教えてください。

http://ja.wikipedia.org/wiki/VoIP

仰っているVoIPの意味合いは「音声通話機能」ということでよろしいでしょうか。

音声通話機能の無いIMであれば、音声通話はWebベースのMeeboさえも対応しており、

現在、IM系ツールには必須の機能と考えられるため、割合は非常に少ないです。

IPメッセンジャーやChat&MessengerのようなLAN内IMぐらいでしょう。

VoIP(SIP対応)という意味では、GizmoやMSN Messengerが挙げられるぐらいで、

他のSkypeやYahooMessengerなどはまだ対応していません。

Pidgin

http://www.pidgin.im/