2つのpdfファイルを比較して変更箇所を自動的に表示するソフトはありますか

こちらのソフトはどうでしょう。

Word, Excel, PowerPoint, PDFなどの文書の差分を異なるファイルフォーマット間でも確認できるソフト「Diff Doc」

http://blog.fkoji.com/2007/04031951.html

http://www.adobe.co.jp/products/acrobatpro/main.html

Adobe - Adobe Acrobat Professional

ドキュメントを一旦PDFにし，Acrobatの機能を使うのはいかがでしょうか。

文書 / 文書を比較

該当箇所にコールアウトが付いたり，かなり見易いです。色々条件を変えて差分を取ることもできます。レイアウト上の相違もビジュアル的に抽出してくれます。

あんたキャンセル多いな