ハードディスクの表示について教えてください。

すべてのファイルとフォルダーを表示する

のさらに先にある、

「保護されたオペレーティング　システムファイルを表示しない（推奨）」

はどうなっていますか。

ゴミ箱じゃないですか？

２つの可能性。

１つめはXP等なら、システムファイルは表示されない様になっている。

フォルダオプションの「保護されたオペレーティングシステムファイルを表示しない」のチェックボックスを外す必要がある。

あと、ゴミ箱の中身はファイルサイズには計算されないけどドライブの使用量には反映されるので注意。

２つめはパーティションが分けられている可能性。

最近はディスクからリカバリーできる機種が多いからこの可能性は大きい。

ディスクの管理の使い方

ディスクの管理 を使えば非表示のパーティションも表示できる。

たぶんゴミ箱とシステムの復元が領域食ってるんじゃないかと。

Cドライブ自体の使用量はどうなのでしょうか？

Windowsだとパソコンのシステム回復のために予め容量をおさえてある場合もあります。

また、トラブル時に復元できるように予めインストール用のソフトがWindows上からは見えない形で

入っている場合もあります。

システム回復用のログが溜まっている場合には、システム回復機能をオフにして

ログを削除すれば領域が開放されると思います。

２つの原因が推測できます。

(1)ごみ箱にファイルが溜まっている

⇒ごみ箱を空にしてください。参考：ごみ箱の中を空にする - ［Windowsの使い方］All About

(2)ファイルシステムの一部が論理エラーを起こして、使えない状態になっている

⇒chkdskでファイルシステムのチェックと修復を行ってください。参考：CHKDSK/システムファイルの整合性をチェックし，エラーを修復

NTFSには、代替データストリームという、特殊なデータファイルが存在します。代替データストリームは、エクスプローラやコマンドプロンプトで対応していないためフォルダ表示やdirコマンドでは表示もされず、合計サイズにも含まれません。

⇒NTFS ボリューム上のディスク領域の問題を特定して修正する方法の代替データ ストリームの項を参照

代替データ ストリーム 
NTFS では、ファイルおよびフォルダに代替データ ストリームを含めることができます。この機能を使用すると、複数のデータ割り当てを 1 つのファイルまたはフォルダに関連付けることができます。ファイルおよびフォルダで代替データ ストリームを使用する場合には、以下の制限があります。 

ファイルまたはフォルダに代替データ ストリームが含まれる場合 

• エクスプローラおよび DIR コマンドでは、報告されるファイル サイズまたはボリューム統計に代替データ ストリームのデータは含まれません。プライマリ データ ストリームの合計バイト数のみが表示されます。  
• chkdsk からの出力では、代替データ ストリームを含め、ユーザーのデータ ファイルによって使用されている領域が正確に報告されます。  
• ディスク クォータでは、ユーザーのデータ ファイルの一部であるすべてのデータ ストリーム割り当てが追跡され、報告されます。  
• Windows バックアップ (ntbackup.exe) では、バックアップされたバイト数がバックアップ ログ レポートに出力されます。ただし、代替データ ストリームがどのファイルに含まれるかは示されません。また、代替ストリームのデータを含むファイルの正確なファイル サイズも示されません。  

chkdskでは、代替データストリームで消費されている分も含めた領域が表示されますのでこちらで確認して100GBと表示されるようであれば、50GB分は代替データストリームで隠しファイルのようなもので使われている可能性があります。（あまり考えにくいですが）

代替データストリームがあるかどうか確認するツールはいくつかあります。

ADS Manager

lfnutils

なお代替データストリームの例としては、インターネットゾーン設定があります。インターネット上からプログラムをダウンロード、保存した際に「インターネットゾーン」が設定されて実行時に警告ダイアログが出ますが、これはダウンロードしたファイルの代替データストリームとしてゾーン設定ファイルが一緒に記録されることで実現されています。

またマルウェアが存在を隠すために代替データストリームを利用することもあります。

スタート→マイコンピュータを右クリック→管理→ディスクの管理

ここで空き容量や総容量等をチェックしてみては？