奈良県内で、建物を建てようとしたのに、遺跡が出てきて建設中止や建設延期をしなければならなくなった事例を探しています。

平城宮跡を国道24号線で挟んだ土地に、以前大手百貨店がありました。その百貨店の建設中に、なんと、長屋王邸跡が発掘されてしまったのです。そのまま工事を続行するか、もめにもめましたが、地下を作らないという条件で、地下のない百貨店が生まれたのです。現在は大手スーパーに変わっていますが、一角には長屋王の記念碑が建てられています。

http://www.i3meguri.com/jpn-w/nara-9.html

有名どころでは、長屋王屋敷跡が出土したため建設を一時ストップさせざるを得なかった旧そごうデパートの件、また富本銭などの工房跡であった飛鳥池遺跡があるにもかかわらず、結局工事を延期しただけで建設された万葉ミュージアムの件、などが、いずれも「工事の延期」レベルの話ですが、知られています。

また、建物ではありませんが、県道天理環状線を建設するために貴重な古墳を潰す計画があった際には、最終的には反対運動の盛り上がりにより建設計画を若干変更する方向で結着しました。