Perlのバージョンを5.6から最新に近いバージョンにアップデートをする際に、（恐らく一般的な）CSV形式でログが保存できるタイプのメールフォームCGIなどへ影響が出ることはあるでしょうか。

「止まる」かどうかは、正直言うと、ケース・バイ・ケースです。

例えば、そのスクリプト中で 5.8 に対応していないモジュールを使っていた、となると、スクリプト中でエラーが発生して、異常終了（CGI なら、Internal Server Error になるパターン）、ということはありえます。

言語としてのシンタックスに変化は無いので、スクリプトの書き方を変更しなければいけない、ということは基本的にはありません（但し、利用しているモジュールが対応していなくて、代替モジュールを使わなきゃいけないような場合は除く）。

まぁ、一番多いのは文字化け、その次に、意図したように正規表現にマッチしない、といったところでしょう。

ありがとうございます。大変勉強になります。