シャットダウンと再起動の違いを教えてください。

何らかの操作をした後、再起動を要求(促す)のはNT系(xpも)のレジストリーは(ユーザープロファイルと言う所のLOG)←と言うファイルへ一時書き込んで置いて、windowsを閉じる(シャツトダウン又は、再起動でも同じ)時に「windows→system32→config ←此処が、レジストリーの大元です←此処はwindowsを閉じる間際しか書き込めないシステムに成っている為シャツトダウンしてから立ち上げるか、シャツトと起動を即行う事で、レジストリーの書き込みを行います。

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何らかの操作でも、レジストリーの反映を、即(今)必要としない操作ならユーザープロファルのLOGへ書き込むだけで済ませますが、最終的には、何時かは、PCをoffにする訳ですからその時はレジストリーの書き込みを行います。

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質問者様が書かれている「シャツトダウンで次の日等に」立ち上げたら、再起動を促されたそうですが、普通はそう言う事は考え難いですが、もしかしたら、インストールその物は完了してても、何らかの事情でレジストリーへ書き込みが完了しきれて居なかったのでは無いかと思います。(想像の域を出ませんが…)

　シャットダウン＝電源を切る、リブート＝再起動、ですね。

　リブート時に削除、なるものは、「起動時に一度だけ実行するプログラム」として、削除スクリプトを仕込むものなので、電源を切っての電源入れなおしでも問題なく削除されます。　削除した後は、その「起動時に一度だけ実行するプログラム」からも削除されるようになっています。