平仮名を個別変換ではなく一括変換してくれるソフト及びサービス（有料でもよろしいですが、ある程度の正確性はあるものだとなおベターです）はありませんか？

下記のソフトはどうでしょうか。

Vector：後から変換 Edit_After (Windows95/98/Me / ユーティリティ) - ソフトの詳細

～以下抜粋～

後から変換 Edit_After

ひらがなべたのテキストファイルの漢字変換

動作OS：

動作機種： IBM-PC　

ソフトの種類： フリーソフト

作者： 深山数臣

評価平均：

評価人数： 未評価

コメント数： コメントなし

・はじめに

このソフトはひらがなでベタうちされた文章を比較的簡単な操作で漢字熟語変換するためにつくられました。

この機能は元々昔の一体型ワープロにはごくありふれた機能でした。

思考しながら文章を書いている途中であまり賢くない漢字入力フロントエンドでいらいらした経験のある方は多いとおもいます。

また業務上または生活上あまり時間が割けなくて文章がひらたく(漢字の少ない文書のことを一部ではそう呼ぶようです)なってしまうことが多々あるのかもしれません。

そのような文章を事後に修正補正するためにこのツールは作成されました。

・注意事項

ファイルの種類とサイズに制限があります。

素朴なプログラムなのであまり巨大なファイルは編集できません。

目安として100キロバイト以下のテキスト形式のファイルを編集できます。

特に操作に込み入ったところはありません。