漫画をスキャンしていってるのですが画像が傾いていたり余白の部分がある画像がたまにあります

これがいいでしょう。

http://www.forest.impress.co.jp/lib/pic/piccam/picedit/ec.html

あと、ビューアーはマンガミーヤ（MangaMeeya）がお勧めです。

http://netrun.oshiete-kun.net/tools/regular/viw/regular-mangamee...

画像の傾きを補正「SlantRevise」v1.0

http://www.forest.impress.co.jp/article/2000/12/14/okiniiri.html

スキャナーで取り込んだ画像の補正を支援するソフト「Comicnv」v2.13

http://www.forest.impress.co.jp/article/2003/08/19/comicnv.html

とかでしょうか。

Corel Paint Shop Pro Photo X2

http://bcnranking.jp/news/0709/070907_8347.html

無料体験版で30日間は使えます。

http://www.corel.com/servlet/Satellite/jp/jp/Product/12085300859...

画像サイズ一括変換

http://www.kanaya440.com/contents/soft/isc/

指定した複数画像の形式変換やリサイズ、色調補正など様々な処理を一括実行

すかし文字列や画像の付加、リネーム、回転などを同時に実行できる

http://www.forest.impress.co.jp/article/2006/11/10/fsphotoresize...