以下手順で何かおかしいところはありますでしょうか。
[ディレクトリセキュリティ]～[IPアドレスとドメイン名の制限]で、
「拒否する」にチェック
「次は除く」に「ドメインで、.jp」
を指定したのですが、自分のPC（国内です）からアクセスすると、「権限がありません」となってしまいます。ちなみに上記設定を外せば、アクセスはできます。
No.1
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.htaccessを使った手法はいかがでしょうか。簡単にアクセス設定出来ます。
.htaccess の設定例
http://mikeneko.creator.club.ne.jp/~lab/web/htaccess/access.html
No.2
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Microsoftのドキュメントを読む限りでは
*.jp
を指定してみてはいかがでしょうか。
http://www.microsoft.com/technet/prodtechnol/WindowsServer2003/L...
ご存知とは思いますが、.jpからのアクセスだけを許可することは
海外からのアクセスを完全に拒否することでも
国内からのアクセスを全て許可することでもないことを一応付け加えておきます。
*.jpとしましたがだめでした。
厳密に設定するには、やはりIPアドレスの範囲で細かく指定していかなければいけないのでしょうか？
No.3
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あなたが.jp以外のドメインからアクセスしている可能性はありませんか？
例えば
http://www.cman.jp/network/support/go_access.cgi
にアクセスしてあなたのドメイン（ホスト名の項目）が .jp であることを確認してみてはいかがでしょうか？
.net だったりすることもあるようですので^^
見当違いな回答である可能性が高いですが、
少し気になりましたので書き込ませていただきました。
pheroさんのおっしゃる通りでした。対象に*.netを追加したら、設定できました！
ありがとうございました。
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.htaccessはApacheなどのWebサーバで動くものです。IISでは動きません。