今年の3月の3週目から最終週に、

あまり詳しくありませんが・・・。

滞在が短期の場合は、航空券の規定に従えば従うほど安くなると思います。

たとえば、途中降機可能・不可能、マイル加算のあり・なしだとか、10日FIXだとか1ヶ月オープンだとか。チケットの種類によって価格が異なります。

途中降機できず、マイルも加算されず、往路復路の日程変更不可などの条件がつけば、安くなるはずです。（また、もちろんのことですが、往復を買うことが前提です。代理店によっては、航空会社未定というものもあるはずです。）

短期で出張がある場合は、私もこのようなチケットを購入しています。

さて、インドネシア国内での帰国時に使う空港が違う場合なのですが、正直、この規定ははっきりわかりません。デンパサールからもジャカルタからも、同じ航空会社で日本へ帰ることができるのであれば、基本問題ないはずですが、チケットによっては、できないものもあると思います。

というのも、一般的にディスカウントが出やすいのは、搭乗率があまりよくない便、すなわち、不便な便です。機中泊が行きと帰りで2泊あるとか、たとえば関空、もしくは、香港やインチョン・台湾等に一度飛んでから、現地に飛ぶとか、まぁそういう便の搭乗をあげて、ディスカウントするのが一般的です。

往復は、許す限りディスカウントチケットの規定に従い（規定上、必要であれば、デンパサールもしくはジャカルタと成田往復を購入）、デンパサール・ジャカルタ間は、国内線で移動すのが良いのではないでしょうか？

帰国は、自力でデンパサールかジャカルタまで戻って、乗って帰るという具合です。

国内線であれば、安価な航空会社もあるはずですので。

http://ja.wikipedia.org/wiki/Category:%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%8...

自信ありませんが、ご参考になれば。

オープンジョーが可能なチケットなら到着と出発の空港を変えることができます。つまりバリに到着してジャカルタから帰国することが出来ます。

http://www.skygate.co.jp/products/shuyu/asia1.html

で検索すると良いチケットが見つかるかも知れません。

ただし、格安航空券は便を変更できないのがほとんどなので注意が必要です。

それから直行となるとあまり安くならない可能性があります。

http://www.tour.ne.jp/

も格安航空券を検索できますが、オープンジョーを指定しての検索が出来ないようです。