一般社団法人設立の際に自分が設立時代表理事になった場合、もう一人の発起人を自分の家族にすると、何か経理上など不利な点は生じないかどうかを教えてください。

株式会社でいう発起人は一般社団法人では社員と呼びますので、そういった前提でお答えします。

社員になっているだけでしたら、特段不利な扱いはないと思います。

社員だけでなく役員にもなっていると税務上いろいろな面も考慮しなくてはならなくなってきます。

例えば税務上非営利型法人の扱いを受けたい場合は、要件の一つとして理事の３分の１以上親族等がいてはいけないことになっていますが、ご家族が理事になっていると要件を満たすために親族関係等ない人をあと４人理事にしなければなりません。