確定申告における高額医療費控除についての質問です。

>確定申告も年度ごとに行い、控除も年度ごとに受けられるのでしょうか？

その通り。

医療費控除の対象となる医療費の金額は、その年中に実際に支払った金額に限られており、その年中に治療が終わっている場合であっても、未払となっている医療費は、その年の医療費控除の対象とはならない。（所得税法第73条第1項）

http://www.houko.com/00/01/S40/033A.HTM#073

国税庁のサイトからの公的な見解です。成人で容貌を美化する為の歯科矯正は認められないです。

http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/1128.htm

2　歯の治療に伴う一般的な費用が医療費控除の対象となるかの判断

(2)　発育段階にある子供の成長を阻害しないようにするために行う不正咬合の歯列矯正のように、歯列矯正を受ける人の年齢や矯正の目的などからみて歯列矯正が必要と認められる場合の費用は、医療費控除の対象になります。しかし、同じ歯列矯正でも、容ぼうを美化するための費用は、医療費控除の対象になりません。

http://www.zenkoku-aquasystem.com/deduction.html

成人矯正や美容目的のものは適用されないのでは？

原則的には、容ぼうを美化したりするためなどの矯正費用は医療費控除の対象にはなりませんが、大人でも審美的に良くすることだけが目的でなく、咀しゃく障害の改善を主な目的とするのであれば医療費控除の対象になります。

後段に「矯正歯科の担当医（日本矯正歯科学会の認定医）が行いますので、専門医の診断書があれば100％認められます」と記載されています。

http://www.ha-channel-88.com/kyousei/iryouhi-koujo.html

矯正の医療費控除について

実際には、これらの診断は担当医である矯正歯科専門医(日本矯正歯科学会専門医・指導医)が行ないますので、専門医の診断書があれば確実に医療費控除が認められます。

また、この診断書がない場合には確定申告時に医療費控除が認められないことがありますので、医療費控除を利用しようと思っている人は、必ず担当の矯正歯科専門医に診断書を書いてもらうようにしましょう。

http://www.jos.gr.jp/qa/index.html

http://www.jos.gr.jp/search/index.html

日本矯正歯科学会のサイトです。認定医・専門医を検索出来ますので、治療中の歯科医が該当するかどうか確認できます。

http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/1120.htm

前置きが長くなりましたが税務当局が認めた場合、暦年において支払った額が医療費控除の対象となります。質問文に即しますと５０万円を２年度で分割支払いした場合、各年度毎に確定申告をすることで医療費控除が適用されます。

2　医療費控除の対象となる医療費の要件

(2)　その年の1月1日から12月31日までの間に支払った医療費であること。

http://ameblo.jp/oda1126/entry-10448695414.html

●単純な分割払いの場合は今年支払った分だけが控除対象です。

　↓

　いわゆる支払日基準ということですね。

　↓

　｢100万円の治療費がかかって、今年中になんとか20万円払いました｣

　というような場合は、20万円だけが対象になります。

年ごとに控除対象になるでしょう

＞例えば年度をまたいで１年目に５０万、２年目に５０万というふうに歯科医院に費用を支払った場合、確定申告も年度ごとに行い、控除も年度ごとに受けられるのでしょうか？

はい、受けられますよ。

医療費控除の上限は年間２００万円なので、もし２００万円を超えそうな場合は年をまたいで分割して２００万円以下にすれば、実質２００万円を超えても控除を受けることができます。

また、ご存知かもしれませんが、医療費控除はご家族の中で一番所得が多い方が行うとお得ですので、参考にされてみて下さい。

参考：医療費控除制度

http://www.ha-channel-88.com/hokenn/iryouhi-koujo.html