「JavaScriptでできて、jQyeryではできないこと」にはどのようなことがあるでしょうか？ 思いつく限り教えてください。

答えは全部できます。なぜならjQueryを使っていても常にJavaScript(DOM API)が使えるからです。

jQueryは主にDOMエレメントをjQueryオブジェクトに加工して操作しやすくなるだけです。

グローバルオブジェクト、グローバル関数、文、演算子などJavaScript CoreはjQuery自体に無いけど使えますよね。

jQuery(window).alert(1) // jQueryオブジェクトにはグローバル関数のalertが定義されていない。
jQuery(window).get(0).alert(1) // getでDOMエレメントを取得するとアクセスできる。

JSの学習方法

• Gecko DOM Reference - MDC
  • まずはMDCのdocument,element,windowリファレンスを眺めて、あのメソッドはここにありそうだなという勘を身につける。

• インターン講義4日目「JavaScript で学ぶ イベントドリブン」 - Hatena::Engineering
  • 復習する。

• Firefox, Firebug, Greasemonkeyで遊ぶ。

jQueryの学習方法

• jQuery 開発者向けメモ - リファレンス
  • まずはこのページを眺めてどんなことができるのか掴む。

• jQuery 日本語リファレンス
  • 上のページが物足りなくなったらこっち。本家も併用。MDCのDOMリファレンスと同じように、jQueryメソッドのジャンル分けも把握する。（Selectors、Attributes、Manipulation、Utilitiesなど）

• GreasemonkeyでTwitterのjQueryを叩いて遊ぶ。（グリモンからはunsafeWindow.$(window)、Firebugからは普通に使える。）
  • twitter webで使われてる、twitter.jsも面白いです。http://jsbeautifier.org/ で整形するとよい。