設定ファイルがどこに保存されているか、探してみましたがわかりませんでした。
そのかわり、ダウンロードの保存先の指定方法はわかりましたので、書いておきますね。
まず、オプションを選んで、高度な設定タブを選んでください
高度な設定タブを選んだら、下のほうにスクロールさせていくと、ダウンロードの保存先の指定項目が出てきます。
設定ファイルは、Google Chrome まとめWikiのFAQによると、
Windows XPの場合
C:\Documents and Settings\[ユーザー名]\Local Settings\Application Data\Google\Chrome\User Data
Windows Vista/7の場合
C:\Users\[ユーザー名]\AppData\Local\Google\Chrome\User Data
にあるようです。
ありがとうございます