雑誌などをｽｷｬﾝしたjpegなどの画像を下絵にして、それをもとにいろいろな絵などを書き、最後に下絵を削除したいというような場合、どのようなソフト（フリーソフト）などを使えばよいでしょうか。

hayutyanさんのおっしゃってる方法はレイヤー機能で可能です。

GIMP 2.6 スーパーリファレンス for Windows&Macintosh

• 作者: 野沢 直樹
• 出版社/メーカー: ソーテック社
• メディア: 単行本

代表的なフリーソフトでは「GIMP」があります。

レイヤーが使えるソフトならなんでもいいと思いますが、とりあえず AzPainter を挙げておきます。

http://hp.vector.co.jp/authors/VA033749/soft/azpainter.html

あと有名どころでは Gimp とか。

Windowsのペイント以外なら何でも可能ですよ。

レイヤー機能が無いペイントソフトなんて探す方が難しいでしょうから。

ソフトを探すときに「レイヤー機能」があるかどうかを目安にしてみてください。ほぼ全てのお絵かきソフトに付いているはずです。

http://www.forest.impress.co.jp/lib/pic/piccam/paint/

ここの「ゆめいろえのぐ」と「水墨画作成ボード 青龍」以外ならどれでも出来そうです。

コメント欄が開いていないので回答欄でごめん

「レイヤ機能」が付いているドローソフトなら、どれでも可能だと思いますよ。

お使いのPCのOSが判らないので漠然とした回答で申し訳ありません。

http://www.vector.co.jp/vpack/pickup/win/art/graphics/index.html

レイヤーがついてれば何でも大丈夫ですよ

http://www.vector.co.jp/soft/win95/art/se161523.html

レイヤーを使える描画ソフトがいいでしょう。

有名なフリーソフトの「GIMP」をお勧めします。