[OSX, BSD] カレントディレクトリに以下のディレクトリがあり

Macで動かしていないので、まずはprintにて正常なコマンドが生成されるかの確認を行ってみてください

#!/usr/bin/perl --
opendir( DH, './') or die ("ディレクトリオープン失敗"); # このファイルの置かれれいるディレクトリ内を対象としています
@dir = readdir( DH );
foreach( @dir ) {
    if ( -d $_ ) {
        print "tar czvf $_.tar.gz $_\n";
    }
}
closedir( DH );

上記で問題が無ければprintの行を下記に入れ替えてください

        system("tar czvf $_.tar.gz $_");