Cakephpのpaginateを同じコントローラー内で２回以上使いたいのですが、どうしたらいいのか分かりません。

複数のModelに対してpaginateを使う場合は、paginateメソッドの第一引数で指定します。

質問文から察すると、同じController内であっても、同じActionで複数使う必要はないですよね？

それであれば、こんな感じで行けると思います。

class SomeController extends AppController
{
    var $paginate = array('Item' => デフォルト条件,
                          'Shop' => デフォルト条件);
    function link() {
        $this->paginate['Item'] = array('conditions' => array("Item.area" => 7),
                                        'limit'=>10);
        $this->set('link',$this->paginate('Item'));
    }

    function shop() {
        $this->paginate['Shop'] = array('conditions' => array("Shop.area" => 7),
                                        'sort'=>'id',
                                        'limit'=>10);
        $this->set('shops',$this->paginate('Shop'));
    }
}

同じAction内に複数のModelに対するpaginateも使えますが、ページ番号の扱いがあるので、ちょっと一捻り必要になります。

何かの参考になれば。