Webアプリを開発しているのですが、MacとWinを使っています。それぞれで環境を共有したいのですが、ソース中のパスがMacでは/に対して、Winでは\なので、ソースを書き換えなくてはなりません。

1. 言語はなんでしょうか？言語によってはWindowsでも"/"が使えます。
2. 言語によりOSを判別する方法があるので、Windowsだったら"/"と"\"を変換するようなコードを加えます。
3. 両方に対応したフレームワークなどを使い、直接扱わないようにします。

「ソース中のパス」というのは、fopen などに指定するファイルのパス、ということですよね。

言語が何か分かりませんが、Windows 環境でも、ディレクトリの区切り文字には、

フォワードスラッシュ "/" を使えるはずです。