パソコンやルータ等の機器で、インターフェースが1Gのものを持っているとしてもケーブルが100Mのものだったら、100Mしか出ないと思います。

ケーブルが100Mのものでも100Mしか出ないということはないですよ。100Mどころか10Mのケーブルでも普通に１Ｇ出ます。現在のEthernetの規格である10M/100M/1G/10Gのそれぞれで、ケーブル自体は識別されません。

LANケーブルのカテゴリは、あくまでケーブルの品質に関する分類です。100Mや10Mのケーブルはノイズ対策などの品質面で1G対応のケーブルに劣りますが、別に1Gの信号を流せないわけではないのです。

ただし、品質が劣ると通信エラーの発生率が上がります。もともとEthernetのLANは信号エラーがある程度発生しても大丈夫なようになっていますが、エラーが発生したぶん通信効率は落ちますので、1Gのインターフェースに100Mや10Mのケーブルを使うと若干通信速度が落ちる場合があります。特に数十ｍ等の長い距離をつなぐ場合は、場合によってはうまく通信できなくなることも考えられます。

ギガビット・イーサネット - Wikipedia

上記ページの「種別」の章にある「1000BASE-T」（厳密に言うとギガビットイーサと言っても、いくつか種類があるのですが、最も一般的な物は 1000BASE-T になります）に書かれていますが、電気的に相手とつながっていることが分かると、オート・ネゴシエーションが始まります。これは、あくまでもインタフェース間でやり取りされるもので、通常のイーサフレームとは別の次元で行われるものですが、これで、通信速度や、全２重、半２重などの状態を確認します。

インタフェース間での調整はこれが基本になりますが、この時点で、ケーブルの電気的特性が悪くて、本来のスピードより下のスピードで認識される事はあります。

一応、ケーブルの電気的特性のカテゴリー分けがあり、カテゴリー 5e 以上が、1000BASE-T で使用出来る水準のケーブル、という事になってます。ですが、下のカテゴリーでも、たまたま出来の良いケーブルだとギガで大丈夫な事もありますし、その逆で、不良品のケーブルだと、カテゴリーは大丈夫だけど、ギガにならない事もあります。

オートネゴシエーションでどのスピードになったは、スイッチ側の LED や、PC 側のインタフェースのプロパティなどで確認する事ができます。

オートネゴシエーションの段階でギガと判断されても、実際のデータのやり取りをしてみると、ケーブルの品質が悪くて、エラーフレームが発生しやすい状態、という事はありえます。全く通信できない、という事は無いですが、エラーフレームが多ければ、それだけ再送が必要なケースが増える、という事になるので、スループットが低下することになります。

http://ascii.jp/elem/000/000/428/428911/index-3.html

オートネゴシェーションでケーブルのグレード（カテゴリ）を

判別しています。

http://books.google.co.jp/books?id=JYlmzoSXXKoC&pg=PR20&lpg=PR20&dq=%E8%87%AA%E5%8B%95%E3%83%8D%E3%82%B4%E3%82%B7%E3%82%A8%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E3%81%A8%E3%82%B1%E3%83%BC%E3%83%96%E3%83%AB%E3%81%AE%E7%A8%AE%E9%A1%9E&source=bl&ots=u6T0MYkZ-N&sig=IyOKuA5H6DsCTZtWG2H2NsY0RvE&hl=ja&ei=zAaPTrncGILnrAeTlomkAQ&sa=X&oi=book_result&ct=result&resnum=7&ved=0CFYQ6AEwBg#v=onepage&q=%E8%87%AA%E5%8B%95%E3%83%8D%E3%82%B4%E3%82%B7%E3%82%A8%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E3%81%A8%E3%82%B1%E3%83%BC%E3%83%96%E3%83%AB%E3%81%AE%E7%A8%AE%E9%A1%9E&f=false

この本が委しいですよ。