銀行から借金し、会社名義で貸しビルを初めて建てる計画をしています。完成したときに消費税が還付される予定になっているのですが、銀行から、その還付金は建物代金がそれだけ安くなったと同じなんだから、その還付金は会計士の報酬を除いた残りは全部当然に借金の返済にあてるべきと言って、銀行に全部取られてしまいそうです。何か、還付金を取られずにすむ方法はないでしょうか？

還付金を入れることによって、返済がその分早くなって、利息が減るのですから、そのままでも良いように考えられますが、とりあえず、多少なりとも、手元に残す算段をしたいと思います。

「その還付金は会計士の報酬を除いた残りは」ということなので、会計士の報酬に関する考え方を、借入期間全体まで伸ばしてしまうというのが良いかと思います。

そうすれば、少しでも手元に残すことが出来ると思います。

また、建物の価値が下がってしまってはいけないので、返済期間内の修繕積み立てに関しては、その還付金から出すことを認めてもらうとか。

このあたりで、どうでしょうか。

会計士の報酬を除いた残り全部というと、完成した際までに支払った確定している会計士の報酬だけ、ということになるのではないかと思います。

そのため、完成後～借入期間終了時までの、会計士の報酬を全て、先に計上してしまえば良いと思います。積み立てとして残しておく、もしくは、先払いで、報酬を支払ってしまう（何からの原因で解除になったときは返還するという項目は必要です）、というようなことが出来るのではないでしょうか？

これだけでは少なすぎると思いますので、ビルの価値を下げないためのメンテナンスも控除してもらって、固定資産税も控除してもらって、貸しビルの入居者の募集広告費用も控除してもらうというような交渉で頑張ってみると良いと思います。