windowsにC＄やD＄などと＄マークを付けてアクセスする方法があるのですが、＄マークの有りと無しではどう違うのでしょうか？システム上の意味合いは何かあるのですか？

クライアント コンピュータで隠し共有または管理用共有を作成および削除する方法 ＠Microsoft サポート
末尾に $ が付いている共有名は 「隠し共有 (hidden share)」 と呼ばれます。

隠し共有は、共有名の最後にドル記号 ($) が付いていることで識別されます。隠し共有は、コンピュータ上の共有を参照する場合や、net view コマンドを実行した場合には、表示されません。この資料の対象製品として記載されているバージョンの Windows では、ネットワーク上のコンピュータ環境を管理するために管理者、プログラムおよびサービスによって使用される、管理用の隠し共有が作成されます。

ドライブ文字の末尾に $ が付いているもの以外に、プリンタやパーティションに対するものが、デフォルトで作成されています。
自分で作成した共有名でも、末尾に $ を付けて隠し共有にすることができます。