会計ソフトの入力に関して、チェックポイントを教えて頂きたいです。

判らない時は、適当に入力しない。
説明書や解説本、それでも判らなければ、人に聞く。
という感じでしょうか。

仕訳ができることが前提。
仕訳がちゃんとできる人は、ほとんど間違えません。

あとは勘定科目が妥当なものが選ばれているかだけです。

勘定科目によって、税制上費用勘定に入れられるものとそうでないものと分かれるわけですから。


分らないことがあれば、税務署にそのつど聞く人もいます。

＞確定申告の際に、または税理士に見せた時などに、
＞注意された体験などありましたら是非教えて頂きたいです。

税理士にもよりますが、脱税になりかねないところを指摘してくれるだけですよ。
そんなに細かくは見てくれません。