原付購入の際、ピンクないしは黄色ナンバーを取得する方法を教えて下さい。

＞3.実際にエンジン交換やボアアップなどを施さずに50ccのままで乗るという行為

よくは知らないが（よくは知らない人が）、この部分だけ読むと 普通は そんな改造は しないと思うし、
50CCなら そのままで乗るんじゃないのかと思うな。

ナンバープレートの色は １２５ｃｃ以下は、自治体によって違うらしいので 和歌山のようなパターンもあるようです。
神奈川は わかりませんが。

今は、原付二種（黄色ナンバー、ピンクナンバー）で登録することは、比較的ポピュラーになっています。
役所もよほどの地方でなければ、改造届けもあまり戸惑わないと思います。

質問者さんのおっしゃる通り、メリットは多いので、自動二輪免許を持っていれば、そのようにしてしまうのも手です。

原付二種で届けるには、排気量を51cc～125ccにしなくてはなりません。
書面を提出するのですが、実際にボアアップキッド等で排気量を上げないで届け出ると虚偽申請などの刑事罰になりますのでご注意ください。
ボアアップさせることについて、多少の知識が必要になると思うので、その辺を理解してください。
排気量を上げたことによる、セッティング等で厄介な事になっていくかもしれません。

実際に届出に関してですが、書類はワープロで１枚作ることになりますが、難しくはありません。

モンキーのネタですが、参考になるかと思います。
http://monkey-files.com/Customize/nisyutouroku.html

ほかにも、検索サイトで「原付二種登録」と検索すれば、いろいろなサイトがヒットします。

ただし、自分の意思で改造を行って届けるので、故障の対処などすべて自己責任となります。
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taknt様、シャチ様、ご回答頂きありがとうございます。
二輪免許習得後、改造も視野に入れて今後の購入を検討したいと思います。