バイク・車のエンジンを清掃する「フラッシング」について、質問です。

デジタルではないので、完全に白か黒と断定する事はできません。
懸念と、間違いなくそうなるでは雲泥の差。
シール類へのダメージは、具体的にシールの材質や経年劣化が影響するので、メーカーの研究所レベルでないと明確な事は言えないと思います。経験上、ダメージが出た事があったりするだけです。シールの材質までは公表されていないでしょう。どのエンジンが、なんて事は分かりません。
　
また、エンジンその物の材質はアルミか鉄ですが、アルミでも成分（必ず合金です）によって反応が異なります。
アルコールはアルミを溶かしてしまうんですよ。
一時期はやったアルコール燃料もこれでトラブル続発。でも、大丈夫なエンジンもあります。
フラッシングでも同様。
フラッシング剤の成分も影響するでしょう。
　
結論として、個人的にはお勧めしません。
ボロボロでOH前提、だめもとでやるならOK。
ただし、くたびれているエンジンほどシール類もへたっているので、ダメ押しになる場合も多いです。
新しいのなら、そもそも使う意味が無いです。
一番いいのは、OHした部品の洗浄に使う。（意味無い？）

適度に推奨します。
数年に一度レベルで。

何事もやり過ぎはよくないのですが、どんな物質でも摩耗して酸化して劣化するものなので、完全な保護は不可能です。

あと、フラッシングの悪影響を目の当たりにして別のやり方を試せる人って、基本的にOH出来る環境を持ってる人が多いので、真似できないか専門家に頼む費用が高いというコストのこともあります。

私の場合、車検前やり、少し回して車検時にもオイル交換。このパターンでトラブルなしです。シール摩耗のチェックを兼ねて、何か見つかったらちゃんと交換してもらう。
耐久度ぎりぎりのパーツをまだ大丈夫と思いながら走るほど、危険なことはありませんからね。