なんか学校で腹黒キャラを自分で作ってる人が居て。

「まあ勉強とかはすごい」この部分がキーだと思います。
勉強ができるようになるには塾通いや家庭教師などで詰め込まれている可能性が高い。
普通よりも多く我慢することを強要されていると見るべきです。
しかも、そこそこ頭が良い。
これではストレスがたまります。
ストレスのはけ口が腹黒キャラだとしたら、すじが通ります。
「もしかしたらそうなんじゃあないかな？」って気持ちで彼の言ったを考え直してみたら何かが分かるんじゃあないでしょうか？
もしそうなら、彼との会話の内容も変わってくると思います。
うわべだけの言葉ではなく、「何故そうなのか？」を考え相手を理解しようとするのが正しい態度でしょう。

仕返しみたいなことをすると自分に倍になって帰ってくるかもしれませんよ。

あまりあなたの方から干渉せず、ただの同級生としての距離を保つというか線を引いとけばいいのでは？
無視をするという意味ではないですよ。

男なら似たような同級生がいましたが、女性なんですか、その人、面白い人ですね。友達でいた方が楽しいかもしれませんね。

正直に言いますと、ちょっと失礼ですが、腹黒キャラを自分で作ってるというあなたの認識が間違ってる可能性を感じました。