プロフィールの使っているサービス一覧を整理するため、一部の機能（グループ、ダイヤリー）のみやめたいんですけど、どうすればいいですか？

ダイアリーは表示されていませんでしたが、現在利用中なのですか？
ダイアリーの場合記事の全削除はできますが、サービス自体を停止する仕組みはありません。

・「ダイアリー」のみ利用停止するには？
http://q.hatena.ne.jp/1361307105

グループの場合は、管理者なのでしたら管理画面からすべて停止してみてください。
※私の場合停止中のグループが一つありますが、プロフィール一覧にはグループアイコンは表示されていません。

http://g.hatena.ne.jp/help
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グループの停止
グループを停止するには、グループ管理画面より状態を「停止」に変更してください。グループを停止すると、グループ内のページは閲覧できなくなり、グループ一覧にも表示されなくなります。
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はてなココについては分かりません・・・