Adobe Encoreを使ったFlashへの書き出しが出来ません。

解決策を知りたいです。
DVD用に作ったデータなのですが、webでも見れるようにしたいなと思い、Flashへの書き出しをしようと思いました。
DVDにする時は問題なく書き出せたのですが、Flash書き出しをすると「トランススコード中…」という文字が出たきり止まってしまいます。
考えられる原因は何でしょうか？

Adobe Encore CS3を使用しています。