正規表現の置換の質問です

一括で 改行を置換してそのあとに <cd>の時だけの改行を入れて置換処理をしたらいかがでしょうか？

または 最初に 改行<cd>を 別のものに置換後、一括で改行置換してから
改行<cd>に戻すというのは どうでしょうか？

一例。
VBScript で a.txt を読み込んで b.txt に出力

Set objFSO = CreateObject("Scripting.FileSystemObject")
Set objFile = objFSO.OpenTextFile("a.txt")
oldText = objFile.ReadAll

' オブジェクトの準備とパラメータ設定
Set objRep = New RegExp
objRep.Multiline = True
objRep.Global = True

' 置換条件の設定と置換実行
objRep.Pattern = "(?!\r*\n<cd>)\r*\n"
repText = ""
newText = objRep.replace(oldText, repText)

objFile.Close
Set objFile = objFSO.CreateTextFile("b.txt")
objFile.WriteLine (newText)
objFile.Close